APLICACIÓN DE LOS CÓDIGOS DE BARRAS DE DNA EN EL DESCUBRIMIENTO DE LA DIVERSIDAD ANIMAL MARINA

Carlos Márquez

Abstract


Los códigos de barras de DNA constituyen un instrumento cuyo objetivo central es la identificación acertada de todas las especies existentes en planeta. La secuencia empleada como identificador de especies animales es un fragmento del gen mitocondrial Citocromo Oxidasa I (COI), cuya longitud es de 350 a 800 pb. El fragmento ha resultado útil en la identificación de especies crípticas y ha ampliado el conocimiento de la diversidad animal; no obstante, no resulta exitoso en plantas y hongos y es inconsistente en diversos grupos como las esponjas de mar. El gen COI es un recurso que a pesar de sus inexactitudes ha aportado enormes beneficios para el conocimiento de la biodiversidad. En este trabajo se analiza la información actual que está en la base de datos BOLD Systems v3, se examina la dinámica de BOLD a través del tiempo y se complementa con información reciente de la literatura. Existen varios hechos que el análisis revela, entre ellos que la generación de secuencias es notable entre 2009 y 2013, y se aprecia una aceleración de 2013 a 2015. Existen datos contrastantes tales como que de las 52525 especies de moluscos marinos sólo se conozcan los códigos del 9.2% y de las 47217 especies de artrópodos se tengan códigos para el 7.6%, en contraste con las 21515 especies de cordados marinos que cuentan con los códigos para el 33.8%. Esta comparación indica un sesgo a favor de las especies carismáticas y de las que tienen importancia económica. Destaca que el número de secuencias de todas las formas de vida que están asociadas a una especie bien identificada siempre está relacionado a un 28 a 30% de especies interinas, ya que es difícil asignarles un nombre definitivo, lo que indica un alto nivel de incertidumbre.

Application of DNA barcodes for the discovery of marine animal diversity

DNA barcoding is a useful tool for the correct identification of species. The most commonly used sequence is a 350 to 800 bp-long fragment of the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I (COI). This fragment has been successfully used to identify cryptic species and has contributed to an increased understanding of animal diversity. However, its use in plants and fungi has been unsuccessful and results have been inconsistent when used in other groups such as marine sponges. This work analyses current data available in the BOLD System V3 database. It compares how the BOLD system has evolved and complements this with an analysis of current literature. This analysis reveals several important facts, among which is the notable increase in sequences submitted between 2009 and 2013 and an increase in the rate of sequence submission since 2013. The analysis also reveals a clear bias in the phyla that are being sequenced for barcoding. Of the 52525 species of marine molluscs only 9.2% have their barcode available. This percentage is even lower (7.6%) for arthropods. This contrasts with marine chordates in which 33.6% of the 21515 known species have their barcodes available. This data suggests a bias towards charismatic and commercially important species. Finally, the general analysis of BOLD database reveals 70% of barcodes are assigned to clearly identified species and near 30% to interim species (those for which a name cannot be definitively assigned to), which highlights the inaccuracies of the identification system.

Keywords


DNA; barcode; COI; animal diversity; marine

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DOI: http://dx.doi.org/10.37543/oceanides.v30i2.150

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