OPTIMIZACIÓN DE UN PROTOCOLO DE EXTRACCIÓN DE DNA TOTAL PARA LA AMPLIFICACIÓN DE MARCADORES MOLECULARES FUNCIONALES ESPECÍFICOS DE ORGANISMOS DESNITRIFICANTES

A. Blanco -Jarvio, A.. Martínez -López, A. Bautista -García

Abstract


En esta contribución se planteó el objetivo de resolver la problemática que se enfrenta al trabajar con técnicas de biología molecular para la extracción de DNA obtenido de material particulado marino en suspensión, y se presenta un propuesta de cómo pueden ser resueltos estos problemas. Los protocolos comúnmente empleados fueron modificados para optimizar la cantidad de DNA total extraído, incrementado así la probabilidad de la amplificación de genes funcionales. Se presentan, además, resultados de la selección de sitios hipervariables para el 16S rRNA, así como para los genes nirS, nirK y nosZ para determinación de amplicones útiles en la identificación de microorganismos participantes en la ruta de desnitrificación en la columna de agua.

Protocol optimization for DNA extraction and amplification by PCR of denitrifying organisms

In this contribution we had the objective to solve the problems encountered working with molecular biology techniques for the extraction of DNA obtained from marine suspended particulate matter, and we provide an alternative on how to resolve such problems. Commonly employed protocols were modified to optimize the total DNA extracted increasing in terms of quality and quantity the probability of amplifying the functional genes. In addition, the results of the selection of hypervariable sites of 16S rARN and nirS, nirK and nosZ genes are presented for the determination of amplicons useful in the identification of microorganisms participating in the denitrification pathway in the water column

Keywords


denitrifying microorganisms; molecular markers; environmental DNA extraction

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DOI: http://dx.doi.org/10.37543/oceanides.v29i2.138

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